El 23 de diciembre un terremoto destruye el 80% de los edificios en Managua, dejando 10,000 muertos y 200,000 damnificados. El Dr. Gustavo Parajón, médico misionero de las Iglesias Bautistas Americanas convoca una reunión cuatro días después y miembros de ocho denominaciones forman el Comité Evangélico Pro-Ayuda a los Damnificados (CEPAD). Durante un mes sirven 30,000 desayunos diarios a niños y niñas. A los tres meses, han construido más de mil casas y han crecido de veinte individuos a veinte denominaciones evangélicas. El Servicio Mundial de Iglesias de los Estados Unidos canaliza sus fondos de ayuda para Nicaragua a través del CEPAD. Los miembros de CEPAD tienen planes de desmontar la organización para el mes de abril.

Las denominaciones del CEPAD ven que la necesidad en Nicaragua es constante y deciden seguir trabajando juntas. El enfoque del trabajo se cambia de Managua al área rural, en donde la corrupción había obstaculizado la llegada de la ayuda extranjera. CEPAD empieza a desarrollar su metodología de empoderar a la gente para realizar sus propios cambios, en vez de depender de personas ajenas para ayudarles. La situación política empeora y la población se pone en contra de Somoza. El asesinato del Director de La Prensa, Pedro Joaquín Chamorro, es un factor determinante para que los empresarios se pongan en contra de Somoza, marcando el comienzo del fin. El FSLN toma una ciudad tras otra y la caída de Somoza es inevitable.

Los Estados Unidos intentan negociar una manera pacífica para sacar a Somoza del poder. Fracasa y los insurreccionistas toman Managua el 18 de Julio. Somoza huye al exilio. El siguiente día es recordado como el Triunfo. El país ahora es gobernado por la Junta Nacional de Reconstrucción, la que incluye a los futuros presidentes Daniel Ortega y Violeta Barrios de Chamorro. Aunque la Junta representa a varios sectores de la sociedad, los Sandinistas la dominan. Con el tiempo, los miembros conservadores empiezan salirse, en protesta contra la agenda populista de los Sandinistas. Se consolida el poder del FSLN. Después de un extensivo debate interno, el CEPAD apoya a los programas propuestos por el nuevo gobierno, aunque no endosa a los sandinistas en sí.

Casi inmediatamente después de empezar su presidencia, el estadounidense Ronald Reagan comienza a organizar los retazos de la Guardia Nacional de Somoza para formar un ejército contrarrevolucionario. Las tácticas de los "Contra" incluyen asesinar a maestros, médicos, enfermeras, sacerdotes y otros no-combatientes. Los sandinistas reaccionan formando un ejército que previene que los Contras obtengan un buen punto de apoyo en Nicaragua. A la misma vez, el gobierno realiza una campaña para alfabetizar, la que disminuye el analfabetismo del 50% al 17% en un término de cinco meses. El CEPAD continúa sus programas, a veces encontrando la resistencia del gobierno y otras veces encontrando ánimo del mismo. De manera similar, el CEPAD apoya las campañas gubernamentales de educación y salud, pero critica de forma abierta a los sandinistas cuando sus medidas militares son excesivas.

El conflicto, conocido como "La Guerra de Reagan" en Nicaragua, se agudiza. Los programas gubernamentales se ven fuertemente truncados por la necesidad de canalizar fondos para la guerra, y por los ataques contra civiles e infraestructura. En 1984, el líder sandinista Daniel Ortega es elegido como presidente por la gran mayoría . Los sandinistas instituyen la Reforma Agraria, dividiendo en parcelas las propiedades de grandes terratenientes que huyeron del país, dándolas a cooperativas y pequeños agricultores. Los sandinistas son negligentes en la legalización de estas propiedades, dejando un legado de ambigüedad que afectará al país por muchos años. En Nueva Guinea, CEPAD facilita la formación de las Comisiones de Paz. Estas incluyen tanto a católicos como evangélicos, quienes arriesgan sus vidas repetidamente protegiendo los derechos de los no-combatientes, evitando los conflictos armados, defendiendo prisioneros y protegiendo desertores.

El conflicto continúa golpeando a Nicaragua, que ahora está cayendo en una crisis económica. En un momento, la tasa de inflación llega a más del 30,000%. El apoyo económico ilegal del gobierno de los Estados Unidos mantiene los esfuerzos para la guerra de los Contra, mientras los sandinistas se ven obligados a establecer el servicio militar para tener suficientes soldados para defender la nación. Esta medida no le cae bien a la gente. El apoyo público para la guerra y para la FSLN está menguando. El Vicepresidente intenta formar una Comisión Nacional de Reconciliación, pero nunca se llega a tener la eficacia de las Comisiones de Paz de CEPAD, las que continúan multiplicándose. Además del municipio de Nueva Guinea, las Comisiones de Paz tienen éxito en la Costa Atlántica, donde contribuyen al cese de fuego.

Violeta Barrios de Chamorro, viuda del mártir Pedro Joaquín Chamorrro, gana las elecciones presidenciales, pese a todas las indicaciones que se reeligiera Daniel Ortega. En pocas palabras, los Estados Unidos habían prometido parar su guerra contra Nicaragua si perdía el FSLN, y así ocurre. La transición es pacífica, pero antes de hacerla efectiva, el FSLN distribuye una gran porción de los bienes y propiedades a sus líderes en lo que se denomina "la piñata." Con el fin del gobierno revolucionario y la reacción inescrupulosa a este hecho por el FSLN, la ayuda extranjera para Nicaragua de organizaciones solidarias repentinamente disminuye. Forzosamente, el CEPAD tiene que funcionar con menos fondos.

Grandes inversiones extranjeras entran nuevamente a Nicaragua, y las cifras macro-económicas mejoran notablemente. Estas mejoras son sentidas únicamente por la clase alta, cuyos miembros han regresado del exilio a Nicaragua. La mayoría de la gente está de acuerdo que Chamorro ha heredado una situación extremadamente difícil. Los grupos Contras se desarman después de negociar con la nueva administración, pero cuando no se cumplen los términos de los acuerdos, toman sus armas nuevamente y son conocidos como los "re-Contras." Algunos sandinistas también toman armas en contra de la nueva administración y los re-Contra. El CEPAD está activamente involucrado en los intentos de desarmar a ambas partes y el número de Comisiones de Paz en las áreas rurales se incrementa.

Arnoldo Alemán, alcalde de Managua, es elegido presidente. Esta elección inaugura un período de corrupción que iguala aún los peores excesos de la dinastía de los Somoza. A diferencia de Somoza, Alemán nunca desarrolla una fuerza militar que le es leal, ni intimida físicamente a la gente. El huracán Mitch causa daños catastróficos al país, retrasándolo años en términos de progreso económico. Dos comarcas cerca de Posoltega son sepultadas en un masivo alud, matando a casi 3,000 personas; puentes, caminos y decenas de miles de campos agrícolas son arruinados. Por el lado positivo, la ayuda extranjera se incrementa y una porción substancial de la deuda externa de Nicaragua es perdonada (aunque sigue siendo la más alta per cápita en el mundo). CEPAD tiene un rol central en los esfuerzos de corto y largo plazo para aliviar a los damnificados, hombres y mujeres.

En las elecciones municipales de 2000 y 2004, el pueblo elige alcaldes sandinistas en Managua y en muchas otras ciudades principales, en parte por la reacción indignada de la población contra la corrupción del Partido Liberal. Sin embargo, Alemán y Ortega firman e implementan un pacto político que quitará apoyo público para sus partidos y a la vez destruirá a los demás partidos. Enrique Bolaños, Vice-Presidente de Alemán, derrota a Ortega en las elecciones presidenciales del 2001 con una plataforma de honestidad y austeridad. Sin embargo, el pacto ubica a Alemán y Ortega en la Asamblea Nacional, dándoles inmunidad por sus diversos crímenes. Juntos y aparte, trabajan para bloquear los programas de Bolaños. Bolaños gobierna el país sin respaldo de un partido político y en desacuerdo con la Asamblea Nacional, el Poder Judicial y el Poder Electoral, que están constituidos en su gran mayoría por miembros de los partidos PLC y FSLN. La situación de una democracia institucional debilitada amenaza con atrasar a Nicaragua en su desarrollo económico. Mientras tanto, la mayoría de nicaragüenses - el 80% viviendo con menos de un dólar diario - es la que más siente el impacto de la crisis. Enfrentando una disminución de apoyo financiero, los programas de CEPAD son rediseñados para ser auto-sostenibles.